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故事始于2036年2月6日，当时一场电脑失控的事故摧毁了世界各地的许多大城市。这场大灾难被命名为「2036年问题」，但预测在2038年会发生类似的事件。因此，一群科学家利用盖亚超级电脑创造了一个「地球模拟器」来防止它发生，但却失败了，因为人类的出生潜力急剧下降。

科学家随后向地球模拟器引入了「阿雷西博讯息」公式，成功地将人类带入了另一个世界。他们起初感到兴奋，直到他们意识到地球模拟器中的人类本身创造了另一个地球模拟器。科学家开始怀疑他们实际上只是来自位于他们之上的生物的地球模拟器的产物。
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故事以高冈波隆为中心，他是一名黑客，拥有像电子游戏一样「保存和读取」的能力。利用他的黑客触发系统，他可以干预他周围的世界线。